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Fundación y establecimiento de los
mercedarios en el Cusco

Las crónicas señalan que en el año 1535 ingresaron los mercedarios al Cusco donde fundaron su primera casa a iniciativa de Fray Sebastián de Castañeda y Trujillo. Los mercedarios gozaron del favor de Pizarro, quien les cedió el solar frente a la plaza Cusipata en premio a los servicios prestados durante los primeros años de la presencia española. De este modo se inició la construcción de sus casa y templo, los mismos que fueron los más importantes y céntricos de la ciudad, logrando alcanzar la categoría de Principal de Cusco, pues hasta finales del siglo XVI no se habían edificado el conjunto de la Catedral ni el Templo de la Compañía de Jesus.
Las primeras construcciones mercedarias fueron muy modestas y sirvieron para dar sepultura a Diego de Almagro y Gonzalo Pizarro.

Después de 1548 los ambientes se reformaron y ampliaron, es así que para 1580 el conjunto estaba muy avanzado, los trabajadores del segundo claustro fueron encomendados al Arquitecto Miguel Gutiérrez Sancio quien trabajo de la mano con Martín Gonzales de Lagos.

El terremoto de 1650 destruyó casi por completo el edificio, quedando tan solo en pie una parte del templo y unos cuantos ambientes en el segundo claustro. Inmediatamente se inició su reconstrucción, en la que participaron albañiles indígenas y esclavos negros. Para el año 1671 las obras habían sido concluidas.

"Según Fray Victor M. Barriga los religiosos de su orden fueron los primeros llegados al Perú en los comienzos de la conquista española. Este historiador mercenario, basándose en la información de Servicios de la Orden de la Merced hecha en 1570, afirma que la presencia mercenaria en el Perú es evidente desde 1533, habiendo quién garantiza que este fecha es bastante cierta, pues es muy probable que con Almagro a fines de 1532 pasasen de mercedarios al reino aún no fenecido de los Incas.
El cronista Ruiz Naharro en su "Relación de los hechos de los españoles en el Perú" informe que fueron ocho de los primeros mercedarios llegados en estos momentos iniciales de la ocupación, cuyos nombres menciona cumplidamente y agrega que fueron acompañados de dos legos quienes se dice quedaron en Piura donde habse hallaban los religiosos de la misma orden, Fray Miguel de Orejes y Fray Diego Martínez".